L’IAE s’appuie sur une équipe de 12 enseignants et enseignants-chercheurs permanents, mais aussi sur un ensemble d’enseignants chercheurs rattachés à d’autres composantes de l’Université de Franche-Comté et à d’autres universités.
Les intervenants professionnels sont très présents dans les formations, en particulier dans les deuxièmes années des masters pour lesquels ils assurent environ 40% des enseignements.
Cette association entre professionnels et universitaires est un point clé de la qualité des formations proposées et de leur forte intégration dans les milieux professionnels.